Comme toutes les planètes joviennes, Jupiter n'a pas de surface liquide nette comme celle d'un océan. La transition de gaz à liquide se fait graduellement lorsqu'on s'enfonce à l'intérieur de la planète.
À une profondeur suffisamment grande, l'hydrogène se comporte comme un métal parce qu'il est ionisé. La rotation rapide de Jupiter combinée à la présence d'hydrogène métallique produit un champ magnétique gigantesque (voir section suivante).
On pense que le noyau de Jupiter est constitué de glaces, de roches et de métaux.