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Mercure possède un gros noyau de métal par rapport à sa taille, ce qui lui confère une densité très grande. Il vient peut-être d'une collision avec un autre corps planétaire qui contenait lui aussi un noyau ferreux. La collision se serait produite avant que Mercure ne se solidifie et les deux noyaux auraient fusionné. Cette théorie est cependant difficilement vérifiable.
Le noyau est entouré d'un manteau rocheux suivi d'une croûte mince.