En raison de la grande inclinaison de son orbite et de son excentricité prononcée, l'origine du système de Pluton et Charon cadre mal avec le modèle de la formation des planètes du système solaire. Certains pensent que Pluton pourrait être une ancienne lune d'Uranus qui aurait été éjectée lors du cataclysme que nous avons mentionné pour expliquer les caractéristiques étranges de l'orbite de Triton. D'autres pensent que Pluton est tout simplement un des gros objets de la ceinture de Kuiper que nous étudierons au prochain module. La découverte de deux nouvelles lunes autour de Pluton est un argument de plus pour ces derniers.
Mais par tradition, presque tous les livres d'astronomie désignaient Pluton comme étant la neuvième planète du système solaire. La découverte d'Éris (UB313), un astre plus gros que Pluton, a relancé le débat sur le statut de Pluton qui a finalement été reléguée au rang de planète naine.